Deux années se sont écoulées depuis la guerre qui eut lieu au village caché du Sable, Suna. Cette époque marqua la fin d'une ère où les organisations avaient la main mise sur le monde. Peu de temps après chaque groupe criminel disparu sans raison apparente, relançant dans la foulée une plus forte stabilité pour les différentes nations. Ce changement radical causa la dissolution de l'organisation gouvernementale appelée Sei Teikoku, qui avait pour objectif de former l'élite ninja de chaque village. Ces derniers préfèrent par la suite s'en occuper. Désormais une paix instable subsistait entre les différentes nations jusqu'à ce que le mal sorte d'outre tombe...